In viitorul apropiat, oceanele sau ridicat, cauzand cauzand ca pamantul sa fie acoperit de ape.Cu expansiunea oceanelor,apare o noua rasa mutanta creata de un doctor ce vrea sa termine cu omenirea, si izbucneste un ultim razboi. Acum echipajul submarinului Blue No.6 trebuie sa il opreasca cu orice cost. Dar, mai intai acestia trebuie sa incerce sa il recruteze pe cel mai bun pilot de submarine care a trait : Tetsu Hayami.